Tiến sĩ
Trường Đại học Bách Khoa được giao nhiệm vụ đào tạo tiến sĩ từ năm 1981 với 20 chuyên ngành. Sau 28 năm, số chuyên ngành đào tạo tiến sĩ của Trường đã tăng đến 41 chuyên ngành và đào tạo thành công 55 tiến sĩ.
Thạc sĩ
Trường Đại học Bách Khoa được giao nhiệm vụ đào tạo thạc sĩ từ năm 1990 với 17 chuyên ngành. Sau 19 năm, số chuyên ngành đào tạo thạc sĩ của Trường đã tăng đến 41 chuyên ngành và đào tạo thành công 2927 thạc sĩ.
Quy mô đào tạo năm học 2008-2009 là 2.268 học viên cao học ở 41 chuyên ngành đào tạo (chỉ tính riêng với các chương trình đào tạo trong nước).Từ năm 2007, tất cả các chuyên ngành đào tạo thạc sĩ chuyển đổi toàn phần chương trình đào tạo sang học chế tín chỉ với tổng số chuyên ngành bổ sung thêm phương thức đào tạo nghiên cứu lên 37/41 chuyên ngành.